Najstarszym znanym ludem na terenie Czarnogóry było iliryjskie plemię Dokleatów – pochodzi od nich nazwa Duklja, nadana przez Rzymian obszarom nad rzekami Zetą i Moracą, między Boką Kotorską a Jeziorem Szkoderskim. Duklja wchodziła w skład rzymskich prowincji. Po podziale cesarstwa rzymskiego dzisiejsza Czarnogóra znalazła się w strefie wpływów Bizancjum.
Słowianie przybyli nad Moracę w VII w. i stopniowo wchłonęli miejscową ludność iliryjską. W IX w. utworzyli księstwo Zeta (od nazwy rzeki przepływającej przez ich terytorium), które w II połowie XII w. zostało przejęte przez państwo serbskie.
W średniowieczu na terenie dzisiejszej Czarnogóry istniało jedno z centrów kulturalnych południowej słowiańszczyzny. W 1190 r. w Bijelo Polje powstał Ewangeliarz Mirosłava – najstarsza książka napisana po serbsku, cyrylicą. Również w XII w. w Barze głagolicą spisano kronikę Ljetopis popa Dukljanina – jeden z najstarszych chorwackich tekstów świeckich.
Po wygranej przez Turków bitwie na Kosowym Polu (1389) i upadku państwa serbskiego księstwo Zeta utrzymało częściową niezależność od państwa tureckiego. Turcy atakowali Zetę od 1410 r. W 1482 r., po zdobyciu przez nich twierdzy Zabijak, książę Ivan Crnojević przeniósł ośrodek dowodzenia w góry, do Cetinje, a w 1516 r. złożył władzę w ręce miejscowego zwierzchnika Kościoła prawosławnego (władyki), który odtąd miał w państwie, formalnie podległym Turkom, władzę kościelną i świecką. W latach 1697-1851 władycy pochodzili wyłącznie z rodu Petrović-Njegoś.
Pozostając pod władzą państwa otomańskiego, mieszkańcy ziem czarnogórskich nie zaprzestali walk z okupantem. Wykazali przy tym duże umiejętności prowadzenia wojny w górskim terenie, dzięki czemu wielokrotnie pokonywali silniejszego napastnika. W 1712 r. zmusili do panicznego odwrotu liczącą prawie 100 tys. żołnierzy armię Ahmeda Paszy. W 1767 r. zaledwie 10-tysięczne oddziały władyki starły się z dwunastokrotnie liczniejszymi napastnikami. Czarnogórcy wciągnęli Turków w góry, gdzie nękali ich przez pół roku. Efektem było wycofanie się wojsk otomańskich, które wprawdzie wróciły w 1796 r., i to w liczbie 30 tys., ale efekt ich walk z góralami był równie opłakany.
W 1852 r. książę Daniło Njegoś zdecydował o podziale rządów władyki — zachował władzę świecką, a kościelną przekazał bratu, Mirkowi, wyświęconemu na biskupa. Wkrótce, po zakończonej w 1878 r. wojnie z Turcją i kongresie berlińskim, Czarnogóra odzyskała niepodległość.
W 1910 r. Mikołaj Petrović, od 1860 r. władca Czarnogóry, ogłosił się królem. Koroną cieszył się jednak zaledwie osiem lat. Po I wojnie światowej Czarnogórę przyłączono do Królestwa Serbów, Chorwatów i Słoweńców, rządzonego przez serbską dynastię Karadziordziewiciów. W 1929 r. Królestwo zmieniło nazwę na Jugosławia.
6 kwietnia 1941 r. Jugosławia została zaatakowana przez wojska niemieckie. Po zbombardowaniu 18 kwietnia Belgradu skapitulowała. Walczyły jednak oddziały partyzanckie, dowodzone od 1941 r. przez Josipa Broza-Tita. Po II wojnie światowej stanął on na czele rządu Federacyjnej Republiki Jugosławii. Jedną z jej republik stała się Czarnogóra.
Państwo, trzymane silną ręką przez Tita, zaczęło się rozpadać po jego śmierci (1981). Na kryzys gospodarczy nałożyły się nacjonalistyczne dążenia Serbskiego Związku Komunistów (na jego czele stał Slobodan Milośević) do utworzenia Wielkiej Serbii. Pierwsi o podziale państwa zaczęli mówić Chorwaci, przerażeni projektami Milośevicia (od 1990 r. prezydenta Serbii). 25 maja 1991 r. niepodległość ogłosiła nie tylko Chorwacja, ale również Słowenia. Odpowiedzą rządu w Belgradzie było wkroczenie wojska na teren „buntowniczych” republik. Zaczęła się wojna, której wynikiem był podział Socjalistycznej Federacyjnej Republiki Jugosławii na Słowenię, Chorwację, Bośnię i Hercegowinę, Macedonię oraz „nową” Jugosławię (Federalną Republikę Jugosławii), składającą się z Serbii i Czarnogóry.
Czarnogórcy, którzy w czasie wojny jako jedyna republika „starej” Jugosławii trwali u boku Serbii, zdecydowali o pozostaniu w związku z Serbią podczas referendum 1 marca 1992 r. (aż 80% głosów „za”). W następnym miesiącu ogłoszono powstanie Federalnej Republiki Jugosławii. Za swą decyzję Czarnogórcom przyszło zapłacić bardzo szybko. W 1992 r., po wkroczeniu armii jugosłowiańskiej do Chorwacji i rozpoczęciu przez armię federalną krwawej wojny w zamieszkanej przez Serbów i Chorwatów Bośni, Rada Bezpieczeństwa ONZ nałożyła na „nową” Jugosławię ostre sankcje ekonomiczne. Czarnogórcy odczuli je bardzo ciężko — kryzys przeżyła wówczas m.in. turystyka, z której utrzymywała się znaczna część mieszkańców kraju, szczególnie na wybrzeżu. Jesienią 1992 r. nowa Jugosławia straciła prawo członkostwa w ONZ.
Mimo to rząd w Belgradzie pod przywództwem Slobodana Milośevicia nadal prowadził politykę „Wielkiej Serbii”. Siłą tłumiono dążenia niepodległościowe Albańczyków w Kosowie – za winnego popełnionych tam zbrodni wojennych Międzynarodowy Trybunał Sprawiedliwości w Hadze uważa Milośevicia. W 1997 r. Milośević został wybrany przez parlament na prezydenta Jugosławii. W tym samym roku wybory prezydenckie w Czarnogórze wygrał Milo Djukanović, zwolennik polityki prozachodniej, która stopniowo zaczęła oddalać Czarnogórę od Serbii. Kiedy w 1999 r. rozpoczęły się naloty NATO na Jugosławię, Czarnogóra ogłosiła neutralność, a nawet przyjęła uchodźców wojennych z Kosowa.
W październiku 2000 r. wybory prezydenckie w Serbii wygrał demokrata, Vojislav Kośtunica. Nowy serbski rząd, kierowany przez premiera Zorana Dzindzicia, rozpoczął demokratyczne i rynkowe reformy, a Milośevicia wydał Hadze. W marcu 2003 r. Dzindzić zginął zastrzelony przez snajpera. Po jego śmierci Serbia pogrążyła się w politycznym chaosie. Rok wcześniej, w marcu 2002 r. Serbia i Chorwacja podpisały porozumienie, na mocy którego 4 lutego 2003 r. Jugosławia przestała istnieć – na trzy lata zastąpiła ją federacja o tymczasowej nazwie Serbia i Czarnogóra. Po tym czasie Czarnogóra nadal może tworzyć z Serbią federację, ale prawdopodobna jest decyzja o rozdzieleniu obu państw.
Czarnogóra i Serbia miała wspólną armię i przedstawicielstwa zagraniczne, prowadziły jednak odrębną politykę gospodarczą. Każdy z członków federacji ma własną policję i system celny. Walutą Czarnogóry jest euro, a Serbii — dinar. Od lipca 2004 r. Czarnogóra posiada własną flagę — złotego dwugłowego orła w koronie na czerwonym tle. Ostatecznie parlament Czarnogóry ogłosił niepodległość 3 czerwca 2006. Od tego czasu Czarnogóra jest odrębnym państwem.